전설 속 보물을 찾아 떠난 뽀로로와 친구들은
우연히 손에 넣은 지도를 따라 신비의 보물섬에 도착한다.

그곳에서 사라진 실버 선장을 만나
비밀을 간직한 보물섬의 수수께끼를 풀어내지만,
악당 블랙 선장과 보물섬의 괴물로 인해 위기에 빠지는데...